อาเซียนและญี่ปุ่นมีความสัมพันธ์กันมายาวนานตั้งแต่ปี 2516 แต่ญี่ปุ่นเป็นประเทศคู่เจรจาทางการของอาเซียนตั้งแต่ปี 2520 ความร่วมมืออาเซียน-ญี่ปุ่นครอบคลุมด้านการเมือง/ความมั่นคง เศรษฐกิจ สังคมและการพัฒนา ญี่ปุ่นได้ให้การสนับสนุนการรวมตัวของอาเซียน โดยจัดตั้งกองทุน Japan-ASEAN Integration Fund (JAIF) ในปี 2549จำนวนเงิน 7.5 พันล้านเยน (ประมาณ 70 ล้านดอลลาร์สหรัฐหรือ 2,415 ล้านบาท) นอกจากนี้ ยังเป็นผู้สนับสนุนรายใหญ่ที่สุดของกรอบข้อริเริ่มเพื่อการรวมตัวของอาเซียน ซึ่งมีวัตถุประสงค์ลดช่องว่างการพัฒนาในอาเซียน

                การค้าระหว่างอาเซียนและญี่ปุ่นในปี 2549 มีมูลค่าประมาณ 156.6 พันล้านดอลลาร์สหรัฐ เป็นอันดับ 2 รองจากสหรัฐฯ นอกจากนี้ ญี่ปุ่นยังเป็นประเทศผู้ลงทุนรายใหญ่เป็นอันดับที่ 2 ของอาเซียน รองจาก EU โดยญี่ปุ่นลงทุนโดยตรงในอาเซียนเป็นมูลค่า 6.9 พันล้านดอลลาร์สหรัฐ (ปี 2549)

                อาเซียนและญี่ปุ่นได้ร่วมมือกันในด้านต่างๆ ทั้งทางการเมือง เศรษฐกิจ สังคมและวัฒนธรรม ในปี 2547 ทั้งสองฝ่ายได้รับรอง ASEAN-Japan Joint Declaration for Cooperation to Combat International Terrorism และญี่ปุ่นได้ภาคยานุวัติ Treaty of Amity and Cooperation in Southeast Asia โดยเป็นประเทศคู่เจรจาลำดับที่สี่ของอาเซียนที่ภาคยานุวัติTAC ในปี 2524 ศูนย์อาเซียน-ญี่ปุ่น (ASEAN-Japan Centre) ได้รับการจัดตั้งขึ้นที่กรุงโตเกียว เพื่อส่งเสริมการค้า การลงทุน และการท่องเที่ยว ขณะนี้กำลังอยู่ระหว่างการปรับปรุงการดำเนินการของศูนย์ฯ ให้เป็นไปตามข้อเสนอแนะของคณะกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ (Eminent Persons Committee)

                ในปี 2546 ญี่ปุ่นเป็นเจ้าภาพจัดการประชุม ASEAN-Japan Commemorative Summit ที่กรุงโตเกียว ในโอกาสครบรอบ 30 ปีของความสัมพันธ์อาเซียน-ญี่ปุ่น และมีการลงนาม Tokyo Declaration for the Dynamic and Enduring ASEAN-Japan Partnership โดยมี ASEAN-Japan Plan of Action แนบท้ายเอกสารดังกล่าวเพื่อกำหนดทิศทางความร่วมมือระหว่างกันในปัจจุบันและอนาคต นอกจากนี้ ในปี 2546 ได้มีการลงนามใน Framework for Comprehensive Economic Partnership between ASEAN and Japan ซึ่งกำหนดให้การจัดทำเขตการค้าเสรีอาเซียน-ญี่ปุ่นแล้วเสร็จภายในปี 2561 และยืดหยุ่น 3 ปี สำหรับประเทศสมาชิกใหม่ CLM

                ปี 2525 ญี่ปุ่นได้สนับสนุนการก่อตั้งกองทุนJapanese Scholarship Fund for ASEAN Youth เพื่อส่งเสริมการศึกษาและการพัฒนาบุคลากร และปี 2550 ญี่ปุ่นได้สนับสนุนการก่อตั้งกองทุน East Asia Youth Exchange Fund เพื่อส่งเสริมการแลกเปลี่ยนระหว่างประชาชนโดยเฉพาะเยาวชนในประเทศ East Asia Summit (EAS) รวมทั้งสิ้น 6,000 คน เป็นระยะเวลา 5 ปี

               
                  ญี่ปุ่นเป็นประเทศคู่เจรจาที่ให้ความช่วยเหลือกับอาเซียนเป็นอย่างมาก โดยเฉพาะการลดช่องว่างระหว่างประเทศสมาชิกอาเซียนเดิม 6 ประเทศ และประเทศสมาชิกใหม่ 4 ประเทศ (CLMV) เพื่อมุ่งไปสู่เป้าหมายของการรวมตัวเป็นประชาคมอาเซียน

                ปัจจุบันปัญหาพลังงานและสิ่งแวดล้อมได้ทวีความสำคัญต่อทั้งภูมิภาคและโลก เนื่องจากได้ส่งผลกระทบไปสู่ประชาชนโดยรวม ทำให้อาเซียนต้องอาศัยความร่วมมือจากญี่ปุ่นในการพัฒนาบุคลากร ถ่ายทอดเทคโนโลยี ทั้งในเรื่องพลังงานทดแทน พลังงานสะอาด (clean energy) และ การใช้พลังงานอย่างมีประสิทธิภาพและส่งผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมอย่างน้อยที่สุด โดยเฉพาะการที่ญี่ปุ่นมีนโยบายด้านสิ่งแวดล้อมที่พยายามผลักดันให้มีการลดการปล่อยก๊าซเรือนกระจกให้ได้ครึ่งหนึ่งจากระดับปัจจุบันภายในปี 2593 หรือที่ญี่ปุ่นเรียกข้อเสนอนี้ว่า Cool Earth 50 ซึ่งแสดงให้เห็นว่าญี่ปุ่นมีนโยบายที่สอดคล้องกับการพัฒนาของอาเซียน